Баймакский район – один из крупнейших производителей и поставщиков сельскохозяйственной продукции, входит в первую пятерку в республике. По количеству всех видов скота занимает первое место за исключением свинопоголовья. В хозяйствах всех форм собственности насчитывается более 67 тысяч голов крупного рогатого скота, в том числе более 28 тысяч коров, 33 тысячи овец и коз, 8 тысяч лошадей, 7 тысяч свиней. Район располагает 333 тысячами гектаров сельскохозяйственных угодий, в том числе пашни – 123 тысячи, сенокосов – 42 тыс. гектаров. Зерновые культуры занимают 72 тысячи гектаров, в том числе яровая пшеница – 45 тысяч. На район приходится основная часть производимых в республике сильных и твердых сортов пшеницы. По итогам 2006-2007 годов район за достижение высоких результатов по производству зерна удостоен дипломов Правительства Республики Башкортостан и денежных премий. В районе имеется 18 хозяйств разных форм собственности (СПК, ООО, МУСП, ОПХ). Наиболее крупное сельскохозяйственное предприятие – МУСП «Зилаирский», имеющий 80 тыс. га сельскохозяйственных земель. Кроме того, действует около 90 крупных и мелких крестьянско-фермерских хозяйств. В районе функционируют филиал Башкирской МТС, комбикормовый завод, инкубаторно-птицеводческая станция, производственные цеха по переработке сельхозпродукции. Баймакским представительством «Россельхозбанка» в рамках нацпроекта «Развитие АПК» за 2 года на развитие личного подсобного хозяйства выдано кредитов на 85 млн. рублей, КФХ – на 11 млн. рублей. По этим показателям оно занимает 1 место в республике.